Dalam perkembangannya dari awal berdiri sampai dengan sekarang Madrasah Aliyah Negeri Kota Batu, yang berdiri Kokoh, terus berbenah untuk melengkapi sarana dan prasarana untuk penyelenggaraan pendidikan. Seiring perjalanan MAN Kota batu juga mengalami perubahan nama sebagai berikut :

  1. Pada awal berdiri adalah PGAA NU Batu, kemudian diresmikan menjadi SPIAIN Sunan Ampel dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 02 Tahun 1970, pada waktu itu belum mempunyai gedung sendiri, untuk sementara menempati Gedung milik Al-Maarif Batu di Jalan Semeru No. 22 Batu.
  2. Pada Tahun 1978 secara resmi menjadi Madrasah Aliyah Negeri Malang II berdasarkan SK Menteri Agama RI Nomor 17 Tahun 1978, dan masih menempati Gedung Al-Maarif Batu.
  3. Pada Tahun 1979 MAN MALANG II berpindah lokasi menempati Gedung milik MI Raoudlatul Ulum di Jalan Lahor 23 Batu dengan Hak Sewa Bangunan.
  4. Kemudian pada Tahun 1981 secara resmi MAN MALANG II baru menempati Gedung milik sendiri (Pemerintah) yang berlokasi di Jalan Patimura Nomor 25 Batu yang di bangun dengan dana DIP Tahun Anggaran 1980/1981, dan sampai sekarang terus berbenah untuk melengkapi sarana dan prasarana. Dan berkembang memiliki gedung pesantren dengan luas tanah 4000 m2 yang dibangun diatas tanah milik Kelurahan Temas Kota Batu.
  5. Dengan meningkatnya status menjadi Kota Batu maka MAN Malang II Batu berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri Kota Batu berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 157 Tahun 2014 tanggal 17 September 2014.

Berikut Daftar Nama-nama Pimpinan/Kepala Madrasah:

  1. Tahun 1960 – 1974 nama pimpinan MOH. ROFI’I
  2. Tahun 1974 – 1980 nama pimpinan GHOZALI NOOR, BA
  3. Tahun 1980 – 1989 nama pimpinan Drs. SULHANI
  4. Tahun 1989 – 1993 nama pimpinan Drs. H. TORAS GULTOM
  5. Tahun 1993 – 1999 nama pimpinan Drs. H. UNTUNG SALEH
  6. Tahun 1999 – 2004 nama pimpinan Drs. H. TONEM HADI
  7. Tahun 2004 – 2005 nama pimpinan Drs. H. A. DHOHIRI
  8. Tahun 2005 – 2008 nama pimpinan MASRUR ARIFIN, S.Pd
  9. Tahun 2008 – 2016 nama pimpinan Drs. WINARSO
  10. Tahun 2016 – 2020 nama pimpinan H. SUDIRMAN, S.Pd,. M.M
  11. Tahun 2020 – sekarang nama pimpinan Drs. H. FARHADI, M.Si